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由于石墨特有的耐高温性能，在气相色谱仪中，石墨垫主要是在进样口和检测器喷嘴部分，石墨垫的主要故障是漏气和杂质。由于石墨减少导致的漏气是重现性差的原因。
石墨中的杂质可能有两个方面的影响：**，于玻璃衬管或者色谱柱入口侧的连接部分原因，一般会出现鬼峰，在分流分析时，柱入口侧的石墨压环的影响较小;**，由于柱出口侧的连接部或者FID的喷嘴原因，一般出现基线漂移。
日常分析中，安装更换新的石墨垫升温分析中检测出鬼峰时、基线漂移增大时，需要进行石墨垫的维护。与石墨垫的维修同样道理，在使用之前维护，长时间放置之后可能会重新吸附杂质。
石墨垫的维护一般用以下两种方法：
使用气体喷灯的方法:将石墨垫放入喷灯的蓝色火焰中，烧成赤热1s～2s。
使用柱温箱的方法:将石墨垫放入气相色谱仪柱温箱中，用400℃温度处理2～3h。
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